خاستگاه قانونی اصلی صندوق‌های پژوهش و فناوری، ماده ۱۰۰ قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور است که در آن آمده است: به‌منظور ایجاد زمینه‌های مشارکت و سرمایه‌گذاری بخش غیردولتی و حمایت کمّی و کیفی از فعالیتهای پژوهشی و فنآوری، بالاخص‌ پژوهش‌ها و فن‌آوری‌های کاربردی‌توسعه‌ای، دولت مجاز است در تأسیس صندوق‌های غیردولتی مشارکت کند و موظف به‌تقویت صندوق‌های دولتی‌موجود می‌باشد و باید ترتیبی اتخاذ کند که امکان استفاده این صندوق‌ها از یارانه سود تسهیلات مالی طی سال‌های اجرای برنامه فراهم شود.

طبق آیین‌نامه اجرایی ماده ۱۰۰ برنامه سوم توسعه کشور، ایجاد صندوق‌های پژوهش و فناوری ابتدا در دستورکار وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و سپس معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری قرار گرفت. پس از آن صندوق نوآوری و شکوفائی در ابتدا و سپس صندوق‌های ریسک پذیر سرمایه‌گذاری و پژوهش و فناوری با هدف سرمایه‌گذاری و کمک به طرح‌ها و شرکت‌های دانش‌بنیان به‌وجود آمدند.

لزوم ايجاد صندوق‌های پژوهش و فن‌آوری را می‌توان بصورت ذيل عنوان نمود: